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大家好，感谢邀请，今天来为大家分享一下vesta怎么删除原子的问题，以及和vesta删除原子后如何保存的一些困惑，大家要是还不太明白的话，也没有关系，因为接下来将为大家分享，希望可以帮助到大家，解决大家的问题，下面就开始吧！

一、晶胞坐标怎么看

晶胞坐标是描述晶体结构的一组三维空间坐标系。如果您需要查看晶胞坐标，可以按照以下步骤：

1.找到晶胞坐标数据：通常可以在晶体学研究中的论文、数据库或者晶体参考书籍中找到晶胞坐标数据。

2.使用晶体结构可视化软件：可以使用许多现成的晶体结构可视化软件来展示晶胞坐标。例如VESTA，MaterialsStudio，CRYSTAL等等。将晶胞参数和原子坐标输入到这些软件中即可显示晶格结构。

3.了解晶胞坐标：通常，晶体学家使用很多符号表示晶胞坐标。以立方晶系为例，通常有三个参数a、b、c表示晶胞的边的长度；α、β、γ表示边之间的夹角。另外，还有原子序数、原子位置坐标、散射强度等信息与每个原子相关联。这些符号和参数可以在专业的晶体学书籍和论文中找到它们基本用法。

总之，要查看和理解晶胞坐标，需要具备相关的基础晶体学知识和一定的经验。在工作中，也可以借助现成的晶体结构可视化软件来帮助您了解晶胞坐标。

二、vasp计算详细教程

vasp用“slab”模型来模拟表面体系结构。

vasp计算表面的大概步骤是：

材料体性质的计算；表面模型的构造；表面结构的优化；表面性质的计算。

1、材料体性质计算：

本步是为了确定表面计算时所需的一些重要参数：ENCUT、SIGMA、晶格参数。

在计算前，要明确：何种PP；ENCUT；KPOINTS;SIGMA;PREC;EX-CO，这其实是准备properinputfiles。

a.何种PP

选择的PP能使计算得到的单个原子能量值在1meV~10meV之间。

所求得的单原子能量（对称性破缺时）可用来提高结合能的精度。

b.ENCUT

选择的ENCUT应使得总能变化在0.001eV左右为宜。

注意：试探值最小为POTCAR中的ENMAX（多个时，取最大的），递增间隔50；

另外，在进行变体积的结构优化时，最好保证ENCUT＝1.3ENMAX，以得到合理精度。

c.PREC

控制计算精度的最重要参数，决定了（未指定时）ENCUT、FFT网格、ROPT取值。

一般计算取NORMAL；当要提高Stresstensor计算精度时，HIGH或ACCURATE，并手动设置ENCUT。

d.EDIFF＆EDIFFG

EDIFF判断电子结构部分自恰迭代时自恰与否，一般取默认值＝1E－4；

EDIFFG控制离子部分驰豫

e.ISTART＆ICHARGE

ISTART=1,ICHARG=11：能带结构、电子态密度计算时；

ISTART=0,ICHARG=2：其余计算

ISTART=1，ICHARG=1（其他所有不改变）：断点后续算设置

f.GGA&VOSKOWN

GGA＝91：Perdew-Wang91；

GGA＝PE：Perdew-Burke-Ernzerhof

VOSKOWN＝1（GGA＝91时）；VOSKOWN＝默认（其余情况）

g.ISIF

控制结构参数之优化。在对原胞进行变形状或者体积的优化时，ENCUT要取大（比如1.3ENMAX或PREC＝HIGH）,以消除PulayStress导致的误差。

h.IEAR&SIGMA

进行任何静态计算时，且K点数目大于4，IEAR＝－5；

当原胞太大，导致K点数目小于4时，IEAR=0，并且要设置一个SIGMA；

对绝缘体和半导体，不论是静态计算还是结构优化，IEAR=-5；

对金属体系，EAR=1和2，并且设置一个SIGMA；

能带结构计算，用默认值：IEAR＝1，SIGMA＝0.2；

一般来说，对于任何体系，任何计算，采用IEAR＝0，并选择合适的SIGMA都会得到合理结果。

选择的SIGMA应使得entropyT*SEENTRO绝对值最小。K点数目变化后，SIGMA需再优化。

i.RWIGS

一般取POTCAR中以A为单问的RWIGS值。

j.Kpoints

选择的K点应使得总能变化在0.001eV左右即可。

k.一些重要的参数在默认下的值NSW=0，IBRION＝－1，ISIF＝2：静态计算。

<二>

a.体材料结合能修正。

在OUTCAR中energywithoutentropy之后的那个能量值，就是修正值

b.结构参数优化。简单情况（没有内部自由度如晶胞形状、原子位置）：静态计算，得出E～V关系，然后用Birch-Murnaghan状态方程拟合。

复杂情况：

总思路是先“建立好房子”，再“放好桌子”。

先算一步结构优化（取ISIF＝5，只改变“房子”形貌，房间大小不变，家具不予考虑），接着算一步静态自恰计算，从而得到某结构参数下的能量，如此循环得到E～V关系。用状态方程拟合得到平衡体积。

在该体积下，重复1（取ISIF＝2,房子造好后，考虑的是如何放家具。此处一般是使得每个家具受力达到某中小即可认为达到稳定结构）、2两步，便得到了所有的晶格参数值，如离子坐标。

c.VASP得到的总能即是结合能，不过还要减去前面得到的修正值。

d.自恰的电荷密度

优化得到晶格参数后，再进行静态的自恰计算，就得到了自恰的电荷密度。

此时的POSCAR为从优化晶格参数时可CONTCAR得到。

KPOINTS不变

典型的INCAR设置是：

ENCUT=250

ISTART=0;ICHARG=2

IEAR=-5

PREC=Accurate

计算完后，注意保存相关结果。

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